モンブラ こまひ レイク モミジ プルライフ 月の海峡 しおじ コメン フォール ショートケー ティーホル メーカー オートメ わかた ビーフ イザヤ ロストル フリース エイグ ススキ ヒーロー チフス シーズ レード サルト マンパ サイトむい パクチー せりか ゲート ちこり メナム ション ストッキン オフス イソップ シュボド マップ ノンフ スツール ハイパー ドミノ タシケ コダチア プレス バウンス スーパー リコリス ハラム ウチク
キャプテンコマンドー 声優：置鮎龍太郎
銀河連邦宇宙軍の教本にもその名が書かれる「影の秘密警察機構」コマンドーチームのリーダー。炎や電撃を発射できるガントレットを駆使して戦う。
翔（ショウ）声優：堀秀行
ニンジャコマンドーと呼ばれるコマンドーチームの一員で、武神流忍術の使い手。愛刀「雷光丸」と煙幕弾「スモーク・ボム」を武器に戦う。本作では、同じ流派である武神流の使い手である凱とペアを組んでいる。
フーバー 声優：笹本優子
ベビーコマンドーと呼ばれるコマンドーチームの一員で、天才的な頭脳を持つ赤ん坊。自作のロボットアーマー「シルバーフィスト」に乗って戦う。
ジェネティー
マミーコマンドーと呼ばれるコマンドーチームの一員で、全身を包帯で包んだ異星人。言葉は話せないが、メンバーとの意思疎通は出来る。敵を溶かす特殊な薬品を塗ったナイフが武器。
シュトゥルム* 声優：吉野貴宏
シュトゥルムJr.* 声優：望月健一
ドラック* 声優：野中秀哲
かつてジェノサイドの部下であった犯罪超人。ボンベを背負っており、ボウガンで攻撃してくる獣人。3人とも色違いで同じ姿をしている。ジェノサイドを倒したコマンドーチームへの復讐に燃えている。
Z（ズィー）* 声優：渡辺英雄
かつてジェノサイドの部下であった犯罪超人。遠距離からワイヤー付の爪で攻撃してくる。
キャロル* 声優：木川絵里子
ブレンダ* 声優：木川絵里子
かつてジェノサイドの部下であった犯罪超人。セクシーなラバースーツに身を包んだ女性で、手に持った音叉から電撃攻撃をしてくる。
ドッペル*
かつてジェノサイドの部下であった犯罪超人。変身能力を持つ。本作内では本性の姿は出てこず、毎回敵味方問わず様々なキャラに変身した状態（ドッペルキャラ）で登場。
ストライダー飛竜
飛竜（ひりゅう） 声優：鳥海浩輔
プロの暗殺者集団ストライダーズの最年少にして最強の少年。常に冷静で一人でいるのを好むが、目的が同じという事で仲間となる。敵対する者とはかつて仲間であった飛燕にさえも全く容赦がない苛烈な性格の持ち主。ストライダーズの養成所は100人入れば9割は生きて出てこられず、生きぬいた者は特A級、B級などランク付けされ晴れてストライダーになる。飛竜の武器サイファーは、特A級ですら使えるものはわずかしかいない。ストライダーになると体内に小型爆弾を入れられ任務失敗しようものなら容赦なく爆発するという設定がある。
グランドマスター* 声優：水鳥鉄夫
自ら冥王と名乗っている。空中戦艦バルログや第3の月、新たな命を生み出すなど絶大な実力を持っている。
飛燕（ひえん）* 声優：鳥海浩輔
飛竜の元戦友で、現在はグランドマスターの部下。ストライダーズの壊滅に何らかの関係がある。彼の持つ「ジオメトリカルサイファー」は、二本のサイファーを組み合わせたもので、二本に分割して使用する、ブーメラン状に結合して投げる等、状況に応じて様々な形態に変形できる
東風* 声優：山田美穂
グランドマスターの部下。プラズマの旋風を起こす暗殺拳の使い手。
南風*
グランドマスターの部下。東風のクローン。
ソロ* 声優：渡辺英雄
メカニックスーツを身に纏ったグランドマスターの部下。多彩な銃火器と素早い動き、飛行能力を生かした遠距離戦・空中戦が得意。「暗殺者ソロ」のあだ名を持つ。
ソロ・量産型*
メカニックスーツを身に纏ったグランドマスターの部下。
ストリートファイターシリーズ
リュウ 声優：森川智之
さすらいの格闘家。ケンと共に日本へ船旅の最中、戦いに巻き込まれる。攻撃力の高さは全ユニット中トップクラス。戦闘中のカットインが計4種類と全ユニット中最も多い。SFC版『ストリートファイターII』のCMソング、筋肉少女帯の『バトル野郎～100万人の兄貴～』の歌詞を引用した台詞がある。
ケン・マスターズ 声優：岩永哲哉
全米格闘選手権のチャンピオンにして、リュウと共に修行したライバル。同じアメリカ出身のハガーのことを、本来の役職である「市長」と呼んでいる。
春麗（チュンリー） 声優：田中敦子
ICPOに属する刑事で、シャドルー特別捜査官。今作では中盤からキャミィとペアを組む。
キャミィ 声優：河本明子
ベガ親衛隊の一人として当初は敵対するが、後に仲間となる。
春日野さくら（かすがのさくら） 声優：笹本優子
リュウに憧れてストリートファイトを始めた女子高生。かりんとペアを組む。
神月かりん（かんづきかりん） 声優：山田美穂
さくらをライバル視する財閥の令嬢。
ローズ 声優：根谷美智子
ソウルパワーを操る。本作ではベガと戦って命を落としたという事になっている。ブラックワルキューレの力で蘇っており、最初は敵として登場するが、のちに味方となる。
殺意の波動に目覚めたリュウ* 声優：森川智之
殺意の波動に抗いきれず、暴走してしまったリュウの姿。
豪鬼（ごうき）* 声優：西村知道
殺意の波動を滾らせる格闘家。今作でも圧倒的な攻撃力、防御力、移動力を兼ね備えた、高い実力の持ち主になっている。また全属性に対する耐性があるため、弱点が存在しない。
ベガ* 声優：西村知道
犯罪組織「シャドルー」の首領。サイコパワーを操る。
ユーニ* 声優：河本明子
ベガ親衛隊の一人。
ユーリ* 声優：河本明子
ベガ親衛隊の一人。
ディノクライシス
レジーナ 声優：田中敦子
特殊機関のエージェントで、レジーナはコードネーム。本作ではブルースとペアを組む。
ヴェロキラプトル*
アロサウルス*
原作にて、サードエナジーの暴走により現代へ来た恐竜。
ファイナルファイトシリーズ
凱（ガイ） 声優：岩永哲哉
武神流忍術の第39代正当継承者。本作では武神流繋がりでコマンドーチームの翔とペアを組む。横文字が苦手であり、喋ると変な口調になってしまう。
マイク・ハガー 声優：玄田哲章
メトロシティの市長。元プロレスラーで、CWAという団体にも所属していた。
魔界村シリーズ
アーサー 声優：立木文彦
かつて数多の戦いを切り抜け、魔界村からプリンセスを救出した王国最強の騎士。本作では「白銀の騎士」とも呼ばれている。槍やナイフなど投射武器の扱いに長け、さらに強力な魔法も使える。
原作から引用された今作でのパンツ姿は健在だが、今回はダメージにより鎧が外れるのではなく自分の意思で自由に装着したり外したりできる。
超魔王ネビロス* 声優：吉野貴宏
アスタロトを影で操る魔界村の参謀本部元帥。アスタロトをも超える魔力の持ち主。
大魔王アスタロト* 声優：野中秀哲
かつて魔界村を支配していた魔王。頭と腹に2つの顔を持つ。
レッドアリーマー・ジョーカー* 声優：櫻井孝宏
レッドアリーマーの頂点に立つ誇り高き戦士で、魔界村討伐隊「デモンズ・ブレイゾン」のリーダー。強大な魔力の持ち主で、レッドアリーマーを生み出す力がある。
レッドアリーマー* 声優：望月健一
魔界村を代表する赤い悪魔。高い身体能力を持つ。
レッドアリーマーエース* 声優：望月健一
レッドアリーマーの上級種。アリーマー族の中では最も凶暴とされる。
レッドアリーマーキング* 声優：望月健一
レッドアリーマーの上級種。鎧を身に付けている。
死神*
魔界村に住むモンスター。
燃えろ！ジャスティス学園
島津英雄（しまづひでお） 声優：水鳥鉄夫
ジャスティス学園の国語教師にして島津流空手の達人。『機動教師』の異名を持つ。
水無月響子（みなづききょうこ） 声優：三石琴乃
ジャスティス学園の養護教諭。整体術に通じている。英雄とのペアで行動。
ロストワールド
名無しの超戦士1P 声優：大塚明夫
名無しの超戦士2P 声優：玄田哲章
文字通り、名前を持たない2人の戦士。本作のサテライトは、シューティングゲーム「サイドアーム」に登場する自機、アルファとベータで、通称「モビちゃん」。「奴はいたか?」など原作の台詞も喋る。二人がペアを組んで戦う。
シルフィー 声優：田中理恵
あらゆる戦場に出現する、神出鬼没の逞しい武器商人。飄々としていて何事にも動じない性格の守銭奴。本作ではM.O.M.O.を気に入り、密かに手に入れようと思っている。技の殆どがカプコンの作品のパロディであり、中でも必殺技フラッシュコンボでは、短時間のうちに様々なパロディを連発する。
最終話の時にSHOPにて『シルフィーの服』を購入した時にある特殊なセリフを喋る。これは原作からの引用である。
ダストドラゴン#
朽ちかけた巨大なドラゴン。原作ではボスキャラクターとして戦闘するが、本作では地形の一部として扱われる。
ロックマンDASHシリーズ
ロック・ヴォルナット 声優：田中真弓
宝を求めて遺跡を掘り返すディグアウター。ホリ・タイゾウと行動を共にしていた最中に事件に巻き込まれる。出生に関して謎が多く、本作でも言及されている。腕に取り付けた武器で戦う。
ロール・キャスケット 声優：よこざわけい子
メカニックの天才でロックをサポートするディグアウター。幼い頃から一緒に育ってきたロックとペアを組む。
トロン・ボーン 声優：飯塚雅弓
空賊「ボーン一家」の一員でメカニックの天才。本作ではロールとは犬猿の仲という設定は受け繋がれているが、ロックに恋をしている描写がない。メカニックとして、コマンドーチームのフーバーに憧れている。自作の「グスタフ（マブカプ2仕様）」に搭乗して戦う。
コブン 声優：横山智佐
トロンが作ったメカで、彼女に忠実。全部で40体おりおっちょこちょいだが、雑用、戦闘、乗り物の操縦まで幅広い活躍をする。トロンとペアを組む。ペアユニットの名称は基本的に「○○＆××」という形になっているが、トロンとコブンのユニット名はゲームタイトルから「トロンにコブン」となっている。
ロックマン・ジュノ* 声優：石田彰
『エデン』に所属するロボット。かつてロックに倒されたが、グランドマスターの手により蘇る。登場当初は記憶を失っていたが、戦いの中で徐々に思い出していく。
リーバード（ホロッコ、レッドホロッコ、ゴルベッシュ、ファイアゴルベッシュ）*
遺跡内部などに生息する機械生命体。
MA攻撃
No.01 銃の型
必要ユニット 有栖零児＆小牟
零児と小牟が敵陣に突っ込み、銃を乱射する。
『無限のフロンティア スーパーロボット大戦OGサーガ』では「二丁・銃の型・極」という名称で、零児専用の技だった（使用時に小牟も登場するが、小牟側からは使えない）。
NO.02 DUO･BUSTER
必要ユニット シオン＆M.O.M.O.＋KOS-MOS
シオンに与えられたエネルギーをKOS-MOSが吸収し、複数の敵に強化版X･BUSTERを放つ。
NO.03 キャプテンストーム
必要ユニット キャプテンコマンドー＋フーバー＆ジェネティー＋凱＆翔
コマンドーチームと凱が、強力な連続攻撃を敵に叩き込む。
NO.04 キャプテンソード
必要ユニット キャプテンコマンドー＋フーバー＆ジェネティー＋凱＆翔
コマンドーチームと凱が、エネルギーを集束した巨大なビームソードで敵を叩き斬る。
NO.05 双龍拳
必要ユニット リュウ＋ケン・マスターズ
リュウとケン・マスターズが敵を挟み込んで連続攻撃を繰り出し、フィニッシュにダブル昇龍拳を決める。
NO.06 正義と勇気の3プラトン
必要ユニット リュウ＋ケン・マスターズ＋島津英雄＆水無月響子
リュウが真・昇龍拳、島津英雄が島津流真実直拳を同時に繰り出し、最後にケン・マスターズが神龍拳でフィニッシュ。
NO.07 一斉射撃
必要ユニット レイレイ＆鳳鈴＋ブルース＆レジーナ
ブルース、鳳鈴、レジーナの3人がレイレイの調達する銃器で敵に向かって一斉射撃を仕掛ける。
NO.08 デッドヒート・スロットル
必要ユニット トビ・マスヨ＆天現寺ひろみ＋クロノア＆ガンツ
天現寺ひろみとガンツが互いのバイクで激しくデッドヒートを繰り返し、その勢いで突っ込む荒技。
NO.09 ダブルローリングパンチ
必要ユニット フーバー＆ジェネティ＋トロンにコブン
フーバーとトロンのロボットで敵を挟み込み、双方から強烈なローリングパンチを放ってダメージを与える。
NO.10 プリーズヘルプミー
必要ユニット キング＆フェリシア＋アーマーキング
フェリシアの悲鳴を聞きつけたキングとアーマーキングが、敵に対して怒りのツープラトンを食らわせる。
NO.11 Ｗシャイニングウィザード
必要ユニット キング＆フェリシア
キングとフェリシアで連続攻撃を繰り出した後、シャイニングウィザードでフィニッシュを決める。
NO.12 パチキ合戦
必要ユニット 風間仁＋三島平八
風間仁と三島平八が敵の左右から連続パチキ（頭突き）を決め、風神拳でとどめを刺す。
NO.13 絶・対・合・体
必要ユニット 名無しの超戦士1Ｐ＆2Ｐ＋シルフィー
名無しの超戦士1Ｐ＆2Ｐとシルフィー、そしてモビちゃんのロストワールドチームが一斉射撃で敵に攻撃する。
NO.14 風船抜き
必要ユニット ホリ・タイゾウ
ホリ・タイゾウが得意のポンプを使い、左右の敵を交互に膨らませ、岩石落としでフィニッシュを決める。
NO.15 開脚ダブルキック
必要ユニット ベラボーマン＆ワンダーモモ
ワンダーモモの開脚キックを決めた後、べラボーマンとワンダーモモが連続攻撃を繰り出す。
NO.16 真空波動拳＆神月流皇王拳
必要ユニット 春日野さくら＆神月かりん
春日野さくらによる真空波動拳と、神月かりんの神月流皇王拳で敵を攻撃する。
NO.17 太刀魔割
必要ユニット 御剣平四郎＋平景清＆たろすけ
御剣平四郎と平景清の斬撃と、たろすけの気弾による援護射撃を敵に食らわす。
NO.18 女神降臨
必要ユニット ワルキューレ＋クリノ・サンドラ＆サビーヌ
ワルキューレとクリノ・サンドラ、サビーヌによるコンビの連続攻撃から飛翔突きでフィニッシュを決める。
NO.19 ダブルヒートボディ
必要ユニット ギルガメス＆カイ＋アーサー
カイの魔法、ヒートボディによって鎧を灼熱状態にした「黄金の騎士」ギルガメスと「白銀の騎士」アーサーが、猛攻撃を仕掛ける。
NO.20 ミッドナイトフェスティバル
必要ユニット デミトリ＝マキシモフ＋モリガン＝アーンスランド（モリガン＆リリス）
デミトリ＝マキシモフによる吸血、モリガン＝アーンスランドによる精気吸収を敵に決め、デモンクレイドルとシャドウブレイドでとどめを刺す。
NO.21 ソーディアンマスター
必要ユニット スタン＆ルーティ＋ジューダス
スタン、ルーティー、ジューダスの3人が剣技による華麗な連続攻撃を決める。
NO.22 夢想抜刀
必要ユニット タキ＆わや姫
タキとわや姫が敵に連続で斬りかかり、笹火雷鳴でフィニッシュを決める。
NO.23 ダブルラリアット
必要ユニット マイク・ハガー
マイク・ハガーが得意の肉弾戦から敵の間に踏み込み、ダブルラリアットで左右2体の敵にダメージを与える。